کویر بهاباد در 200 کیلومتری شرق یزد واقع شده که از شمال به کویر ساغند، از جنوب به استان کرمان، از غرب به شهر بافق و از شرق به کویر لوت و منطقه حفاظتی بکر نایبندان محدود می‌شود. کویر بهاباد به همراه منطقه مجاور آن، یعنی نایبندان، از بکرترین کویرهای ایران محسوب می‌شود. شکل کلی منطقه بهاباد به صورت دو سری ارتفاعات موازی در امتداد شمال‌غربی-جنوب‌شرقی کشیده شده است. بلندترین نقطه ارتفاعی آن در کوه‌های آسفیچ (5/5 کیلومتری جنوب جعفرآباد و مرز مشترک با استان کرمان) با ارتفاع 3069 متر و پست‌ترین نقطه آن با ارتفاع 1045 متر در محل خروجی رودخانه شور قرار دارد. از نظر فرسایشی، سنگ‌های بخش جنوب، جنوب‌غربی و غرب منطقه بیشتر در برابر فرسایش و هوازدگی مقاومت دارند و به همین دلیل ارتفاعات بلندی را به وجود آورده که محل اصلی تغذیه سفره آب زیرزمینی منطقه هستند. در مقابل، ارتفاعات شرقی و شمال‌غربی به دلیل تقابل کم در برابر فرسایش، ارتفاع کمتری دارند و بیشتر به صورت تپه‌ماهور و کوه‌های کم‌ارتفاع ظاهر شده‌اند که نزولات جوی در آن‌ها به مراتب کمتر بوده و در تغذیه آب‌های زیرزمینی نقش چندانی ندارند.

در این کویر رودخانه شور جریان دارد که یکی از جاذبه‌ها و ویژگی‌های آن به شمار می‌رود و از کوه‌های آسفیچ و بنستان سرچشمه می‌گیرد و به دشت كویر می‌‌ریزد. این منطقه دارای آب و هوایی گرم و خشک است و به خاطر وجود شن‌های روان، تپه‌های شنی، لخت بودن دشت‌ها و کوهستان‌ها، باد به ‌صورت طوفان‌ های سهمگین شنی با سرعت 90 کیلومتر در ساعت در آن می‌وزد. میزان بارندگی در آن بسیار کم و متوسط سالیانه آن بین 100 تا 350 میلی‌متر است. تغییرات دمای هوا در این منطقه بسیار متفاوت است و بین گاهی از 45 درجه سانتی‌گراد بالای صفر به 20 درجه سانتی‌گراد زیر صفر تغییر پیدا می‌کند.

از جذابیت‌های این کویر، آسمان شفاف و بدون آلودگی آن به شمار می‌رود؛ به گونه‌ای که در شب‌ها می‌توانید شاهد ستاره‌ها در آسمان باشید و از زیبایی‌های آن لذت ببرید. کوه‌‌های بلند و برف‌گیر، نمک‌زارها، تپه‌های ماسه‌ای بزرگ، زمین‌‌های پلاگون از دیگر ویژگی‌ها و زیبایی‌های این کویر به شمار می‌رود. در این کویر گونه‌های جانوری مختلفی زندگی می‌کنند که شامل هوبره، زاغ بور، جبیر، پلنگ، جغد، یوزپلنگ، کاراکال، روباه و … می‌شود. همچنین این منطقه را می‌توان یکی از زیستگاه یوزپلنگ ایرانی دانست.