کلیسای هوهانس مقدس (به ارمنی: Սուրբ Հովհաննես‎)، که به «کلیسای هوانس مراغه» نیز معروف است، در شهر مراغه استان آذربایجان شرقی واقع شده و یکی از نمادهای مهم مذهبی و تاریخی این شهر به شمار می‌آید. این کلیسا که تنها کلیسای موجود در شهر مراغه است، به ارامنه کاتولیک تعلق دارد و نام آن برگرفته از یوحنا حواری است که در فرهنگ ارامنه «هوهانس» نامیده می‌شود.

تاریخ اولیه بنای کلیسا به قرن‌های 5 و 6 میلادی بازمی‌گردد، اما ساختمان کنونی در سال 1840 میلادی توسط سردار سامسون‌خان و با همکاری معماران روسی و فرانسوی بازسازی شده است. معماری کلیسا به شکل تقریباً مربع طراحی شده و شامل سه بخش مجزا برای اسقف اعظم، مدرسه و مکانی برای روشن‌کردن شمع و عود است. نمای کلیسا آجری بوده و بخش غربی آن دارای درگاهی طاقی و گنبدی هرمی با سقف شیروانی است؛ برج ناقوس آن ارتفاعی برابر با 12 متر دارد. این کلیسا در دوران حکومت ایلخانان مغول از اهمیت ویژه‌ای برخوردار بود، اما امروزه به دلیل مهاجرت ارامنه به تهران و دیگر شهرها، عملاً بلااستفاده باقی مانده است. ورودی اصلی در ضلع غربی و از طریق درگاه زیر تاق گنبدی انجام می‌شود و سردر آن با گنبد رک هرمی و ناقوس همراه است.

در سال‌های اخیر مرمت این کلیسا در اولویت میراث فرهنگی مراغه قرار گرفته است. بازدیدکنندگان می‌توانند از موقعیت آن در داخل شهر مراغه، خیابان امام خمینی و خیابان گیلاسلیق دیدن کنند. بهترین زمان بازدید، فصول معتدل بهار و پاییز است که شرایط آب‌وهوا و نور مناسب برای تماشای جزئیات معماری فراهم است. هنگام بازدید از این مکان مذهبی، رعایت احترام به ساختار بنا، سکوت و نظم در فضای داخلی، و پرهیز از آسیب به بخش‌های تاریخی، کاملاً توصیه می‌شود تا این میراث ارزشمند حفظ گردد.